Последние годы сёгунского правления в девятнадцатом веке сотрясали один «правительственный кризис» за другим. В конце концов это привело к отречению сёгуна от власти в 1867 году. Несколько факторов способствовали крушению института сёгуната и началу реставрации Мэй-дзи. Постоянные финансовые трудности бакуфу усугублялись выступлениями крестьян в провинциях, которые протестовали против угнетения со стороны землевладельцев, непосильных налогов и голода в неурожайные годы и громили торговые лавки, дома ростовщиков и усадьбы феодалов. Тяжесть их положения заметно контрастировала с жизнью самого сёгуна и его ближайшего окружения в лице продажных сановников. Так, у одного сёгуна на рубеже восемнадцатого—девятнадцатого веков было двадцать наложниц и пятьдесят пять детей.
Вторым фактором явилось растущее политическое недовольство, которое принимало двоякую форму. Во-первых, все большее своеволие проявляли некоторые западные тодзама (внешние землевладельцы). Они потерпели поражение в битве при Сэкигахара и с тех пор утратили политическое влияние; тем не менее, они затаили глухую ненависть к сёгунату Токугава. Главы двух самых могущественных кланов (Тёсю и Сацума), почувствовав слабость бакуфу, начали подстрекать к неповиновению властям. Как следствие, сёгунат смягчил прежде незыблемое правило, обязывавшее всех даймё половину каждого года проводить в Эдо, и тем самым утратил последнюю реальную власть над ними.
Во-вторых, к политическому недовольству добавлялось еще и идеологическое. Многие молодые японцы, выросшие в беспокойные годы первой половины столетия, были уверены, что для защиты национальных интересов перед лицом угрозы со стороны иностранных держав, уже стучавшихся в двери закрытой от мира страны, необходимо более сильное центральное правительство. Они учились в школах военного искусства и слушали своих учителей, провозглашавших принципы «почтения к императору» (сонно) и «изгнания варваров» (дзёи). Некоторые просили своих хозяев отпустить их со службы и позволить стать ронинами, дабы они могли посвятить себя политической деятельности и защите родины. Одна группа таких молодых людей убила влиятельного государственного советника, который заключил предательский, по их мнению, договор с иностранцами.
Когда недовольство сёгунатом достигло своего апогея, многие разочарованные его политикой люди вспомнили об императоре как объекте верности и почитания. Уже в конце восемнадцатого—начале девятнадцатого века несколько весьма влиятельных писателей говорили о преданности императору. Так, Мотоори Норинага (1730-1800) рассуждал в своих сочинениях о божественной, вечной славе императора и провозглашал верность ему квинтэссенцией национального духа японцев. А Хирата Ацутани (1776-1843) выдвинул доктрину кокутай (государственного устройства), согласно которой Японией, как «божественной землей», должны управлять ведущие свое происхождение от богов императоры. В 1841 году Хирата был посажен под домашний арест, но его учение пользовалось у молодого поколения огромной популярностью. Сёгун все чаще и чаще воспринимался как узурпатор по праву принадлежащей императору власти.
Силой же, взорвавшей тлевшую «пороховую бочку» недовольства и опрокинувшей сёгунат, стало давление иностранных держав, добивавшихся прав на землю, торговых привилегий и заключения коммерческих соглашений с Японией. Подобные попытки продолжались уже в течение долгого времени. Первыми в восемнадцатом столетии пришли с севера русские. Затем, в начале девятнадцатого века, Британия пыталась получить право заходить в порт Нагасаки. Но в целом, за исключением немногих — в основном ученых, желавших изучать западную медицину и военное дело — Япония противилась появлению в стране иностранцев. В 1853—54 годах настойчивость иностранцев стала уже безапелляционной и даже агрессивной — в гавань Эдо вошли четыре американских военных корабля под командованием капитана Мэтью Пэрри.
Именно тогда сёгунат и подписал себе смертный приговор. В 1854 году, при безволии и нерешительности сёгуна, мелкий чиновник, стараясь идти на минимум уступок, все-таки подписал судьбоносное соглашение, разрешающее кораблям нескольких держав заходить в японские порты. (А что еще можно было сделать, если побережье практически не имело линии обороны?) Это решение вызвало бурю протеста, и подписавший договор чиновник был убит ронином-одиночкой.
События обретали уже не только политическую окраску, но и символический смысл; дни сёгуната были сочтены. Иностранные посланники при ведении переговоров искали согласия не властей сёгуната, а императорского двора. Западные кланы Тёсю и Сацума подняли мятеж и разгромили посланные против них войска сёгуната. Вскоре к ним присоединились и другие кланы. Регент, ставший сёгуном, отрекся от своего поста в ноябре 1867 года. Армия захватила огромный замок Токугава в Эдо, власть императора была «восстановлена». Так, скорее хныканьем, чем прощальным «хлопком двери», закончилось 250-летнее правление самураев.
Однако конец власти самураев не означал ни полной утраты ими политической и военной роли в обществе, ни, тем более, прекращения их влияния на культуру страны. Семьсот лет «воинского духа» и «культуры воина» оставили слишком глубокий отпечаток. Самурайский дух в недалеком будущем вновь ярко проявит себя, и на этот раз не только в Японии, но и в Восточной и Юго-Восточной Азии и на островах Тихого океана.